今天的北京城骡马市大街北面，有“四川营”这个地址，这里就是秦良玉当年带兵驻扎的地方。勤王的将领中，只有白杆兵是女将带队，引起了京师百姓极大的兴趣，明朝时期的汉族女子喜欢把脚缠成三寸金莲的模样，甚至缠到无法下地走路、需要别人抱出抱进的地步，一个女人如此武功高强、勇猛无敌那自然是天大的奇闻。秦良玉治下的川兵还在这里纺纱织布，力争自给自足，后人就把这里叫作棉花胡同。后来此地设置了四川会馆，里面有副墨迹，生动地表现了后人的缅怀之情，“出胜国垂三百年，在劫火消沉，犹剩数亩荒营，大庇北来桑梓客。起英雄于九幽地，看辽云惨淡，应添两行热泪，同声重哭天涯”。

崇桢六年（公元1633年），白杆兵的精锐被留下来拱卫京师，秦良玉回四川“专办蜀贼”，与多如牛毛的农民军展开了旷日持久的战争，其中最有名的就是农民军领袖张献忠，后人有一本《蜀碧》揭露了张献忠令人发指的屠杀罪行，“天生万物以养人,人无一德以报天,杀杀杀杀杀杀杀”，这就是张献忠对待百姓的态度，几百年后，这种藐视一切的兽性依然让人不寒而栗。

崇桢七年（公元1634年），张献忠陷夔州，围太平，秦良玉昼夜兼程，打退了农民军。崇桢十三年（公元1640年），罗汝才的农民军攻克巫山，进犯夔州，秦良玉率领白杆军人在马家寨、留马垭、仙寺岭大战罗汝才，杀掉农民军首领东山虎，将罗汝才阻于巫山。明末乱世，饥荒遍地，民不聊生，流民揭杆而起，汇成了燎原之势，白杆军人有限，农民军却源源不断，数量上逐渐占据了优势。史书记载，张献忠的部队用人血浸过的米豆喂马，虎狼之师所到之处，百姓民无遗类。他们遇上孕妇，必然刨开她的肚子，将胎儿挖出，抛在空中，用刀尖接住，观赏胎儿最后的挣扎，他们把这叫做雪鳅。他们抓到儿童，就用柴草把孩子们围住，然后点燃柴草，在圈外用矛戟乱砍乱刺，直到孩子们个个血肉模糊、不成人形，农民军把这叫做贯戏。秦良玉为守护一方平安，弹精竭虑，忧思如焚。

张献忠、罗汝才的农民军大举入川，秦良玉与张令两人成犄角之势拱卫重庆。张献忠连破官军于观音岩、三黄岭，在竹箘坪射杀张令，秦良玉的三万部众赶去救援，几番恶斗，终因寡不敌众，几至全军覆没。秦良玉单骑去见四川督抚邵捷春，提出挽救之策，“现在事情紧急，尽发溪峒卒，可得二万人。我出一半军粮，官府出一半军粮，足以破敌”，但四川府库空虚，已无存粮，无力集合一支足以抵挡农民军的队伍，邵捷春没有采纳秦良玉的建议。当时，秦良玉的一位族人秦缵勋充当农民军的耳目，被秦良玉发现，秦缵勋杀掉狱卒越狱逃跑，被再度抓获，秦良玉把他交由法办，明正典刑。

崇祯十七年（1644年），张献忠的数十万农民军涌入四川，在夔州打败了秦良玉的白杆军，随后占领了四川全境，只有石砫在秦良玉的守护下得以保全。秦良玉发布《固守石砫檄文》，慷慨陈辞，“我的两个兄弟皆死于王事，我以妇人之身蒙受国恩二十年，今不幸至此，断不能以余生事奉逆贼”，她发布命令，“有从贼者，族无赦”，七十岁的秦良玉依然豪气冲天，她依然为大明王朝守着一片蓝天，不幸的是京城被李自成的农民军攻破，明思宗不愿南逃，在煤山上自缢身亡，李自成就在京师做了大顺帝国的皇帝，仅仅历时几十天，农民军就象山崩一样的败亡了，此时张献忠还在四川大杀百姓，直到现在四川还能见到当时留下的万人坑，整个县城的百姓都被张献忠屠戮殆尽，只有秦良玉所在的石砫能把农民军挡在家门之外。

满清入关了，清军南下了，江南地区遭遇了空前激烈的抵抗，也遭到了极为惨烈的屠杀，南明隆武二年（公元1646年），秦良玉接受了南明政权的任命，接受了太子太保和忠贞侯的封号，准备带兵为南明效力。就在此时，郑芝龙不顾大义，投降满清，出卖了隆武帝，反清大业至此功亏一篑，清军进入四川后，杀人无数，致使千里荒无人烟，引发了后来的湖广填四川，但在秦良玉有生之年，清兵未能踏入石砫一步，秦良玉始终是大明的忠臣。公元1648年，秦良玉抱憾而终，享年七十四岁，下葬于龙河北岸的回龙案（今石柱县大河乡鸭桩村），墓碑上刻着南明对她的封号，她走完了轰轰烈烈的一生，充满传奇又充满遗憾，正如古人所言，为国为民，侠之大者，作为一个女人，秦良玉当之无愧。